A Secretaria do MERCOSUL através do Protocolo de Ouro Preto. Desde dezembro de 1996 ela esta situada em caráter permanente na cidade de Montevidéu ( Uruguai). Na sua concepção original o órgão foi criado apenas como órgão operacional responsável pela prestação de serviços aos demais órgãos do MERCOSUL. Sendo estes:

Entretanto desde 2002 a Secretaria do Mercosul, ganhou novas atribuições no Setor de Assessoria Técnica, dando uma abrangência mais macro ao órgão.

Atualmente, a Secretaria está dividida em três setores, de acordo com a Resolução GMC Nº 01/03 do Grupo Mercado Comum.